החלק של "בירור הלכה", המודפס בסוף הגמרא, הוא פרי יצירתם של חברי המכון, אשר בעמל רב טרחו לעיין בשיטות השונות לפירוש כל סוגיה, בטעמיהן ובסיבות מחלוקתן, עד למסקנות הפוסקים הלכה למעשה.

מטרת הבירורים היא להציג באופן עקבי ובצורה מסודרת את סוגיות הגמרא, כל אחת בתור מסגרת המקיפה נושא שנדון בבתי המדרשות במשך הדורות.

כתיבת הבירורים נעשתה לאחר עיון בסברות, השוואה לסוגיות מקבילות ובדיקת גרסאות שונות.

העבודה עצמה נערכה לפי סדר הציונים שב"עין משפט", אולם לא כל הציונים נידונו ב"בירור הלכה". יש שלאחר עיון החליטו הכותבים והעורכים שזו הלכה ברורה, המכוונת כמות שהיא לפרוש הסוגיה ולא ראוי להוסיף עליה.

יש שניתנה הפניה למסכת אחרת, כאשר התברר ששם עיקר הסוגיה.

מאידך גיסא, יש שנוספו בירורים שאין עליהם ציונים, כאשר מצאנו שלפנינו נושא ראוי.

בעבודה עצמה שמנו גבול, שאיננו כותבים על כל שאלה הלכתית המסתעפת ממסקנת הסוגיה, אם אין לה נגיעה לפירוש הסוגיה או לשיטות השונות בפירושה.